Infekční ložiska jsou makroskopické i mikroskopické shluky jakýchkoliv volných toxinů - infekcí, které jsou obalené hlenovým pouzdrem z nezpracovaných potravin (mléko, bílá mouka a další). Mohou být kdekoliv v těle v plicích, ledvinách, srdci, mozku, v zubu, v podkoží ... Obalem jsou izolovány od okolního prostředí, takže se nemůžou rozmnožovat, ale devastují tělo vylučováním toxinů. Jsou příčinami vzniku chronických civilizačních chorob.

Z hlediska detoxikace rozlišujeme infekce volné a ložiskové. Pokud jde o volné infekce, tam si obvykle rozumíme s klasickou západní medicínou a v akutních případech jsme s ní zajedno v použití antibiotik. Pokud jde o infekční ložiska, klasická medicína o jejich existenci sice ví, ale nedokáže je spolehlivě diagnostikovat a z organismu odstraňovat.  V obojím spočívá obrovský přínos a genialita celé metody MUDr. Josefa Jonáše.